El programa tiene una duración de dos años y se divide en seis cuatrimestres. Cada cuatrimestre tiene una duración de 14 semanas. En el primer cuatrimestre, se cursan asignaturas básicas en la Unidad de Estudios de Posgrado en la ciudad de Tuxtla Gutiérrez. Las asignaturas formativas (segundo y tercer cuatrimestres) y el tema de investigación (tres últimos cuatrimestres) se desarrollan en cualquiera de las unidades académicas de la DES Ciencias Agropecuarias: Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Facultad de Ciencias Agronómicas, Facultad de Ciencias Agrícolas o el Instituto de Estudios Indígenas. El cumplimiento del programa requiere estudiantes de tiempo exclusivo.