La MCPAT está orientada a la investigación científica, tecnológica e innovadora; es un programa escolarizado que tiene una duración de dos años y se divide en seis cuatrimestres. El programa tiene una convocatia anual y requiere estudiantes de tiempo completo, de dedicación exclusiva a sus estudios. La estructura curricular se integra en dos ejes:

• Eje Teórico-Metodológico, que aborda el marco conceptual de la disciplina para desarrollar habilidades que permiten al estudiante tener fundamentos para construir el marco de referencia de los proyectos de investigación.
• Eje Heurístico, que tiene como objetivo la aplicación de la metodología científica para el desarrollo de proyectos de investigación y transferencia del conocimiento, conforme a las líneas de investigación que sustentan al programa.

La estructura curricular permite la selección de trayectorias flexibles cubriendo un total de 96 créditos que se distribuyen en tres tipos de asignaturas: básicas (que son de carácter obligatorio). De formación (asignaturas de carácter optativo) del listado general de asignaturas de formación por LGAC, los estudiantes pueden seleccionar hasta tres Tópicos Especiales. Los Tópicos Especiales pueden incluir cursos no ofrecidos por la MCPAT, talleres, estancias académicas y participación en proyectos de investigación que incidan directamente en el desarrollo de su trabajo de tesis. Esta flexibilidad curricular promueve la movilidad de estudiantes y profesores, permitiendo la posibilidad de cursar las asignaturas optativas ofrecidas en cualquiera de las unidades académicas, en otros programas de posgrado y centros de investigación de la UNACH o bien, en universidades o centros de investigación del país o del extranjero, con los que la UNACH mantiene convenios de colaboración; también pueden ser impartidos por profesores invitados. E integradoras Comprenden tres Seminarios de Investigación, como requisito, los estudiantes deben elaborar el protocolo de investigación durante los primeros dos cuatrimestres y una vez aprobado por su Comité de Seguimiento y Evaluación Tutorial (CSET), el estudiante debe registrar su proyecto en el formato correspondiente, en la Coordinación de Investigación y Posgrado de la FCA-CV en Villaflores.